湿地公园内主要水体为柴窝堡湖，柴窝堡湖位于乌鲁木齐市区东南约45公里的博格达峰脚下的柴窝堡盆地，地处达坂城地区西部，是一个天然冷水性湖泊，由湖北面的博格达峰融雪及湖南面的公格尔峰融雪汇集而成。湖呈圆形，面积约为28平方公里，似核桃状，平均水深4米，最深处约7米，面积17.54平方公里。